16.1. NĂNG LƯỢNG
16.1.1. Năng lượng và công
Có thể định nghĩa một cách đơn giản
nhất năng lượng là khả năng tạo nên công hoặc gây nên những
biến đổi đặc biệt. Do đó, tất cả các quá trình lý, hoá là
kết quả của việc sử dụng hoặc vận động của năng lượng. Tế
bào sống thực hiện ba loại công chủ yếu, tất cả đều cần
thiết cho các quá trình sống.
- Công hoá học, bao gồm việc tổng hợp các phân tử sinh
học phức tạp từ các tiền chất đơn giản hơn. Năng lượng ở
đây được dùng để nâng cao tính phức tạp phân tử của tế
bào.
- Công vận chuyển, cần năng lượng để hấp thu các chất
dinh dưỡng, loại bỏ các chất thải và duy trì các cân bằng
ion.
Như ta biết, nhiều phân tử chất
dinh dưỡng bên ngoài môi trường phải đi vào tế bào mặc dù
nồng độ nội bào của các chất này thường cao hơn ngoại bào
nghĩa là ngược với gradien điện hoá. Với các chất thải và
các chất độc hại cần phải được loại bỏ khỏi tế bào, tình
hình cũng diễn ra tương tự.
- Công cơ học, có lẽ là loại công quen thuộc nhất trong
ba loại công. Năng lượng ở đây cần cho việc thay đổi vị
trí vật lý của các cơ thể, các tế bào và các cấu trúc bên
trong tế bào. Hầu hết năng lượng sinh học bắt nguồn từ ánh
sáng mặt trời khả kiến chiếu lên bề mặt trái đất. Quang
năng được hấp thu bởi các sinh vật quang dưỡng trong quá
trình quang hợp nhờ chất diệp lục và các sắc tố khác sau
đó chuyển thành hoá năng. Trái với sinh vật quang dưỡng,
nhiều vi khuẩn hoá tự dưỡng vô cơ (chemolithoautotrophs)
lại thu được năng lượng nhờ oxy hoá các chất vô cơ. Hoá
năng từ quang hợp và hoá dưỡng vô cơ sau đó có thể được
các sinh vật quang tự dưỡng vô cơ và hoá tự dưỡng vô cơ sử
dụng để chuyển CO2 thành các phân tử sinh học
như Glucose (Hình 16.1).
-


Hình 16.1: Dòng carbon và năng lượng
trong một hệ sinh thái
(Theo: Prescott và cs, 2005)
Các phân tử phức tạp do các cơ thể
tự dưỡng tổng hợp (cả thực vật và vi sinh vật) được dùng làm
nguồn carbon cho các sinh vật hoá dị dưỡng và các sinh vật
tiêu thụ khác vốn sử dụng các phân tử hữu cơ phức tạp làm
nguồn vật chất và năng lượng để xây dựng nên các cấu trúc tế
bào của riêng mình (trên thực tế các sinh vật tự dưỡng cũng
sử dụng các phân tử hữu cơ phức tạp). Các sinh vật hoá dị
dưỡng thường sử dụng O2 làm chất nhận electron
khi oxy hoá Glucose và các phân tử hữu cơ khác thành CO2.
Trong quá trình này - được gọi là hô hấp hiếu khí - O2
đóng vai trò là chất nhận electron cuối cùng và bị khử thành
nước. Quá trình trên giải phóng ra nhiều năng lượng. Do đó
trong hệ sinh thái năng lượng được hấp thu bởi các cơ thể
quang tự dưỡng và hoá tự dưỡng vô cơ. Sau đó, một phần năng
lượng này được chuyền cho các cơ thể hoá dị dưỡng khi chúng
sử dụng các chất dinh dưỡng bắt nguồn từ bọn tự dưỡng (Hình
16.1). CO2 tạo thành trong hô hấp hiếu khí có thể
lại được lắp vào các phân tử hữu cơ phức tạp trong quang hợp
và hoá tự dưỡng vô cơ. Rõ ràng, dòng carbon và năng lượng
trong hệ sinh thái có liên quan mật thiết với nhau.
Các tế bào phải vận chuyển năng
lượng một cách có hiệu quả từ bộ máy sản xuất năng lượng tới
các hệ thống thực hiện công. Nghĩa là, chúng cần có một đồng
tiền chung về năng lượng để tiêu dùng, đó là Adenosine 5’-
triPhosphate tức ATP (hình 16.2).

Hình 16.2. Adenosine triPhosphate
và Adenosine diPhosphate.
(Theo Prescott, Harley và Klein,
2005)


Hình 16.3: Chu trình năng lượng
của tế bào.
Khi ATP phân giải thành Adenosine
diPhosphate (ADP) và ortoPhosphate (Pi) năng lượng giải
phóng ra sẽ được dùng để thực hiện công hữu ích. Sau đó,
năng lượng từ quang hợp, hô hấp hiếu khí, hô hấp kỵ khí và
lên men lại được dùng để tái tổng hợp ATP từ ADP và Pi trong
chu trình năng lượng của tế bào (Hình 16.3).
ATP được tạo thành từ năng lượng
cung cấp bởi hô hấp hiếu khí, hô hấp kị khí, lên men và
quang hợp. Sự phân giải của ATP thành ADP và Phosphate (Pi)
giúp cho việc sản ra công hóa học, công vận chuyển và công
cơ học.
16.1.2. Các định luật về nhiệt động
học
Để hiểu được năng lượng tạo thành
ra sao và ATP hoạt động như thế nào với vai trò là đồng tiền
năng lượng ta cần nắm được một số nguyên lý cơ bản của nhiệt
động học. Nhiệt động học phân tích những thay đổi về năng
lượng trong một tổ hợp vật thể (ví dụ: một tế bào hay một
cây) được gọi là một hệ thống. Mọi vật thể khác trong tự
nhiên được gọi là môi trường xung quanh. Nhiệt động học tập
trung vào sự sai khác năng lượng giữa trạng thái ban đầu và
trạng thái cuối cùng của một hệ thống mà không quan tâm đến
tốc độ của quá trình. Chẳng hạn, nếu một xoong nước được đun
đến sôi thì, về nhiệt động học, chỉ điều kiện nước lúc ban
đầu và khi sôi là quan trọng, còn việc nước được đun nhanh
chậm ra sao và được đun trên loại bếp lò nào thì không cần
chú ý. Trong nhiệt động học không thể không đề cập đến hai
định luật quan trọng sau đây.
Theo định luật thứ nhất, năng lượng
không thể được tạo ra hoặc mất đi. Tổng năng lượng trong tự
nhiên là hằng số mặc dù có thể được phân bố lại. Chẳng hạn,
trong các phản ứng hoá học, thường diễn ra sự trao đổi năng
lượng (Ví dụ, nhiệt được thoát ra ở các phản ứng ngoại nhiệt
và được hấp thu trong các phản ứng nội nhiệt) nhưng những sự
trao đổi nhiệt này không trái với định luật trên.
Để xác định lượng nhiệt được sử
dụng trong hoặc thoát ra từ một phản ứng nào đó người ta
dùng hai loại đơn vị năng lượng: một calo (cal) là lượng
nhiệt năng cần để tăng nhiệt độ của một gam nước từ 14,5 đến
15,50C. Lượng nhiệt cũng có thể được biểu hiện
bằng joule (joule, J) là đơn vị của công. 1 cal của nhiệt
tương đương với 4,1840 J của công. 1000 cal hay 1 kilocalo
(kcal) là lượng nhiệt đủ đun sôi khoảng 1,9ml nước. 1
kilojoule (kj) là lượng nhiệt đủ đun sôi khoảng 0,44 ml nước
hoặc giúp cho một người nặng 70 kg leo lên được 35 bậc.
Joule thường được các nhà hoá học và vật lý học sử dụng, còn
các nhà sinh học lại quen sử dụng calo khi nói về năng
lượng. Vì vậy, calo cũng được sử dụng ở đây khi những sự
thay đổi năng lượng được đề cập.
Mặc dù năng lượng được bảo tồn trong tự nhiên nhưng
định luật thứ nhất của nhiệt động học không giải thích được
nhiều quá trình vật lý và hoá học. Hãy lấy một ví dụ đơn
giản để làm sáng tỏ điều nói trên.

Hình
16.4: Sự bành trướng của khí từ xylanh chứa đầy khí sang
xylanh rỗng khí.
(Theo Prescott, Harley và Klein,
2005)


Giả
dụ, ta nối một xylanh đầy khí với một xylanh rỗng khí bằng
bằng một ống chứa 1 van (Hình 16.4). Nếu ta mở van khí sẽ từ
xylanh đầy tràn sang xylanh rỗng cho đến khi khí áp cân bằng
ở 2 xylanh. Năng lượng không chỉ được phân bố lại, nhưng
cũng được bảo tồn. Sự bành trướng của khí được giải thích
bằng định luật thứ hai của nhiệt động học và một trạng thái
vật chất được gọi là entropi. Có thể xem entropi là đại
lượng đo tính hỗn độn hoặc mất trật tự của một hệ thống.
Tính hỗn độn của một hệ thống càng lớn thì entropi của hệ
thống cũng càng lớn. Định luật thứ hai nói rằng các quá
trình vật lý và hoá học diễn ra theo cách sao cho tính hỗn
độn hoặc mất trật tự của cả hệ thống và môi trường xung
quanh tăng tới cực đại có thể. Khí bao giờ cũng sẽ bành
trướng sang xylanh trống.
16.1.3. Năng lượng tự do và các phản
ứng
Các định luật thứ nhất và thứ hai
có thể kết hợp trong một phương trình chung liên kết những
thay đổi trong năng lượng có thể diễn ra trong các phản ứng
hoá học và các quá trình khác.
∆G = ∆H - T.∆S
∆G là sự thay đổi trong năng
lượng tự do, ∆H là sự thay đổi trong entalpi
(enthalpi).T là nhiệt độ Kelvin (0C + 273)
và ∆S là sự thay đổi trong entropi (entropy) diễn ra
trong phản ứng. Sự thay đổi trong entalpi là sự thay đổi
trong nhiệt lượng. Các phản ứng trong tế bào diễn ra ở điều
kiện áp suất và thể tích không thay đổi. Do đó sự thay đổi
trong entalpi sẽ tương tự như sự thay đổi trong năng lượng
tổng cộng trong phản ứng. Sự thay đổi năng lượng tự do là
nhiệt lượng trong một hệ thống có khả năng sinh công ở nhiệt
độ và áp suất không thay đổi. Vì vậy, sự thay đổi trong
entropi là đại lượng đo tỉ lệ của sự thay đổi năng lượng
tổng cộng mà hệ thống không thể sử dụng để thực hiện công.
Sự thay đổi của năng lượng tự do và của entropi không phụ
thuộc vào việc hệ thống diễn ra như thế nào từ lúc bắt đầu
tới khi kết thúc. Ở nhiệt độ và áp suất không đổi một phản
ứng sẽ xảy ra ngẫu nhiên nếu năng lượng tự do của hệ thống
giảm đi trong phản ứng, hay nói theo cách khác, nếu ∆G
là âm. Từ phương trình trên suy ra là một phản ứng với sự
thay đổi lớn, dương tính trong entropi sẽ thường có xu hướng
có giá trị ∆G âm và vì vậy xảy ra ngẫu nhiên. Một sự
giảm trong entropi sẽ có xu hướng làm cho ∆G dương
tính hơn và phản ứng ít thuận lợi.

Hình
16.5: ∆Go’ và cân bằng. Quan hệ của
∆Go’ với sự cân bằng của các phản
ứng. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)
Sự thay đổi trong năng lượng tự do
có quan hệ xác định, cụ thể đối với hướng của các phản ứng
hoá học. Ta hãy xét phản ứng đơn giản sau đây:
A
+ B
C
+ D
Nếu được hỗn hợp các phân tử A và B
sẽ kết hợp với nhau tạo thành các sản phẩm C và D. Cuối cùng
C và D sẽ trở nên đậm đặc đủ để kết hợp với nhau và tạo
thành A và B với cùng tốc độ như khi chúng được tạo thành từ
A và B. Phản ứng bây giờ ở trạng thái cân bằng: tốc độ theo
hai hướng là như nhau và không có sự thay đổi rõ rệt nào
diễn ra trong nồng độ của các chất phản ứng và các sản phẩm.
Tình hình trên được mô tả là hằng số cân bằng (Keq)
liên kết nồng độ cân bằng của các sản phẩm và cơ chất với
nhau:

Nếu hằng số cân bằng lớn hơn 1 các
sản phẩm sẽ có nồng độ lớn hơn các chất phản ứng và phản ứng
có xu hướng diễn ra đến cùng (Hình 16.5).
Hằng số cân bằng của một phản ứng
liên quan trực tiếp với sự thay đổi trong năng lượng tự do
của phản ứng. Khi được xác định ở các điều kiện tiêu chuẩn
quy định chặt chẽ về nồng độ, áp suất, pH và nhiệt độ thì sự
thay đổi năng lượng tự do cho một quá trình được gọi là sự
thay đổi năng lượng tự do tiêu chuẩn (∆Go).
Nếu giữ ở pH 7,0 (gần với pH của tế bào sống) sự thay đổi
năng lượng tự do tiêu chuẩn sẽ được chỉ bởi ký hiệu ∆Go’.
Sự thay đồi trong năng lượng tự do tiêu chuẩn có thể được
xem là lượng năng lượng cực đại mà hệ thống có thể thực hiện
công hữu ích ở các điều kiện tiêu chuẩn. Việc sử dụng các
giá trị ∆Go’ cho phép ta so sánh các phản
ứng mà không cần quan tâm tới những thay đổi trong ∆G,
do những sai khác trong các điều kiện môi trường. Quan hệ
giữa ∆Go’ và Keq được
thể hiện qua quá trình sau:
∆Go’ = -2,303RTlgKeq.
R là hằng số khí (1,9872 cal/mol
hoặc 8,3145 J/mol) và T là nhiệt độ tuyệt đối. Từ
phương trình trên rút ra khi ∆Go’ âm hằng
số cân bằng sẽ lớn hơn 1, phản ứng sẽ diễn ra đến cùng và
được gọi là phản ứng thoát nhiệt (Hình 16.5). Trong một phản
ứng thu nhiệt ∆Go’ là dương và hằng số cân
bằng nhỏ hơn 1. Điều đó có nghĩa là phản ứng không thuận lợi
và ít sản phẩm được tạo thành ở các điều kiện tiêu chuẩn.
Cần nhớ rằng giá trị ∆Go’ chỉ cho ta biết
phản ứng nằm ở đâu khi cân bằng chứ không nói lên phản ứng
đạt được cân bằng nhanh chậm ra sao.
16.1.4. Vai trò của ATP trong trao
đổi chất
Nhiều phản ứng trong tế bào là thu
nhiệt, khó diễn ra hoàn toàn nếu không có sự giúp đỡ từ bên
ngoài. Một trong các vai trò của ATP là hướng các phản ứng
nói trên xảy ra được triệt để hơn. ATP là một phân tử cao
năng nghĩa là nó có thể bị thuỷ phân hầu như hoàn toàn thành
ADP và Pi với một ∆Go’ khoảng
-7,3kcal/mol.
ATP + H2O
ADP + Pi
Với ATP thuật ngữ phân tử cao năng
không có nghĩa là một lượng lớn năng lượng được dự trữ bên
trong một liên kết đặc biệt của ATP mà chỉ đơn giản chỉ ra
rằng việc loại bỏ nhánh Phosphate tận cùng diễn ra với sự
thay đổi năng lượng tự do chuẩn là âm, lớn hoặc phản ứng là
thoát nhiệt mạnh. Nói cách khác ATP có thế mạnh chuyền nhóm
Phosphate và dễ dàng chuyền Phosphate cho nước. Thế chuyền
nhóm Phosphate được quy định là âm của ∆Go’
đối với việc loại bỏ thuỷ phân Phosphate. Một phân tử có thế
chuyền nhóm cao hơn sẽ chuyển Phosphate cho phân tử có thế
thấp hơn.
Như vậy ATP thích hợp khá lý tưởng
đối với vai trò là đồng tiền năng lượng. ATP được tạo thành
trong các quá trình hấp thu và sản sinh năng lượng như quang
hợp, lên men và hô hấp hiếu khí. Đứng về kinh tế của tế bào
sự phân giải ATP thải nhiệt liên kết với các phản ứng thu
nhiệt khác nhau giúp cho các phản ứng này được hoàn thành
(Hình 16.6). Nói cách khác ATP liên kết các phản ứng sinh
năng lượng với các phản ứng sử dụng năng lượng.
16.1.5. Các phản ứng oxy hoá - khử và
các chất mang electron
Sự thay đổi năng lượng tự do không
chỉ liên quan tới cân bằng của các phản ứng hoá học thông
thường mà còn tới cân bằng của các phản ứng oxy hoá-khử.
Việc giải phóng năng lượng thường bao gồm các phản ứng oxy
hoá-khử là các phản ứng trong đó các electron được chuyển từ
chất cho (hoặc chất khử) tới chất nhận electron (hoặc chất
oxy hoá). Theo quy ước một phản ứng như vậy sẽ được viết với
chất cho nằm ở phía bên phải của chất nhận cùng với số (n)
electron (e-) được chuyển:

Chất
nhận + ne-
Chất cho


Hình 16.6. ATP như một tác nhân
liên kết
Việc sử dụng ATP để tạo thành
các phản ứng nội năng là thuận lợi hơn. ATP được tạo thành
bởi các phản ứng ngoại năng, sau đó được dùng để hướng dẫn
các phản ứng nội năng.
(Theo Prescott, Harley và Klein,
2005)
Cặp chất nhận và chất cho được gọi
là cặp redox (Bảng 16.1). Khi một chất nhận nhận các
electron nó sẽ trở thành chất cho của cặp. Hằng số cân bằng
đối với phản ứng được gọi là thế khử chuẩn (Eo)
và là đại lượng đo xu hướng mất electron của chất khử. Tiêu
chuẩn tham khảo dùng cho các thế khử là hệ thống hydro với

(thế khử ở pH 7,0) là -0,42V hoặc -420mV.

2H+
+ 2e-
H2
Trong phản ứng này mỗi nguyên tử
hydrogen cung cấp một proton (H+) và một electron
(e-).
Thế khử có ý nghĩa cụ thể. Các cặp
redox với thế khử âm hơn sẽ chuyền electron cho các cặp với
thế khử dương hơn và ái lực lớn hơn đối với các electron. Do
đó các electron sẽ có xu hướng di chuyển từ các chất khử ở
chóp của bảng 16.1 đến các chất oxy hoá ở đáy vì chúng có
thế dương hơn. Bằng mắt thường, điều này có thể được thể
hiện ở dạng của một tháp electron trong đó các thế khử âm
nhất là ở chóp (hình 16.7).
Bảng 16.1: Các cặp oxy hóa - khử
chọn lọc quan trọng về sinh học.
(Theo: Prescott và cs, 2005)
Cặp oxy hóa khử |
E’o (Volt)a |
2H+ + 2e-
H2
Ferredoxin(Fe3+)
+ e-
Ferredoxin
(Fe2+)
NAD(P)+
+ H+ + 2e-
NADP(H)
S
+ 2H+ + 2e-
H2S
Acetaldehyd
+ 2H+ + 2e-
Ethanol
Pyruvate-
+ 2H+ + 2e-
Lactate2-
FAD
+ 2H+ + 2e-
FADH2
Oxaloacetat2-
+ 2H+ + 2e-
Malate2-
Fumarate2-
+ 2H+ + 2e- Succinate2-
Cytochrome
b (Fe3+) + e-
Cytochrome b (Fe2-)
Ubiquinone
+ 2H+ + 2e- Ubiquinone
H2
Cytochrome
c (Fe3+) + e- Cytochrome
c (Fe2+)
NO3-
+ 2H+ + 2e-
NO2- + H2O
NO2-
+ 8H+ + 6e-
NH4+ + 2H2O
Fe3+
+ e-
Fe2+
O2
+ 4H+ + 4e-
2H2O |
- 0,42
- 0,42
- 0,32
- 0,274
- 0,197
- 0,185
- 0,18b
- 0,166
0,031
0,075
0,10
0,254
0,421
0,44
0,771
0,815 |
|
a/
là thế khử chuẩn ở pH 7,0
b/ Giá trị đối với FAD/FADH2
ứng dụng cho cofactor tự do vì nó có thể thay đổi đáng kể
khi liên kết với 1 apoenzyme
c/ Giá trị đối với Fe tự do
không phải Fe gắn với protein (ví dụ các Cytochrome).
Các electron di chuyển từ các chất cho
tới các chất nhận xuôi theo gradien điện thế hoặc rơi xuống
tháp đến các điện thế dương hơn. Ta hãy xem trường hợp của
chất mang electron NAD+ (nicotinamide adenine -
dinucleotide). Cặp NAD+/NADH có
rất
âm, và vì vậy có thể cho electron tới nhiều chất nhận kể cả
O2.

Hình 16.7. Sự di chuyển của
electron và các thế khử.
Tháp electron thẳng đứng có các thế
khử âm nhất ở đỉnh. Các electron chuyển dịch ngẫu nhiên từ
các chất cho cao hơn trên tháp (các thế hiệu âm hơn) tới các
chất nhận thấp hơn trên tháp (các thế hiệu dương hơn). Nghĩa
là, chất cho trên tháp bao giờ cũng cao hơn chất nhận. Chẳng
hạn NADH sẽ chuyền các electron tới oxy và tạo thành nước
trong quá trình. Một số chất cho và chất nhận điển hình được
ghi ở bên trái và thế oxy hóa khử của chúng được cho trong
ngoặc đơn. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)

NAD+
+ 2H+ + 2e-
NADH + H+
= -0,32V
O2
+ 2H+ + 2e-
H2O
= +0,82V
Vì NAD+/NADH âm hơn
O2/H2O
các electron sẽ di chưyển từ NADH (chất khử) tới O2
(chất oxy hoá) như ở hình 16.7.
NADH + H+ +
O2
H2O + NAD+
Khi các electron di chuyển từ một
chất khử tới một chất nhận với một thế oxy hoá - khử dương
hơn năng lượng tự do sẽ được giải phóng. ∆Go’
của phản ứng liên quan trực tiếp tới mức độ sai khác giữa
thế khử của hai cặp (∆E’o). ∆E’o
càng lớn thì năng lượng tự do thoát ra cũng càng lớn như chỉ
ra bởi phương trình sau: ∆G’o= -nF∆E’o.
Ở đây n là số electron được chuyển
và F là hằng số Faraday (23,062 cal/mol-von hoặc 96,494
J/mol-von). Với mỗi thay đổi 0,1V trong ∆
sẽ có sự thay đổi 4,6 kcal tương ứng trong ∆
và
Keq trong các phản ứng hoá học khác nghĩa là hằng
số cân bằng càng lớn thì ∆
cũng càng lớn. Sự khác nhau trong thế khử giữa NAD+/NADH
và
O2/H2O
là 1,14V, một giá trị ∆
lớn.
Trong hô hấp hiếu khí khi các electron di chuyển từ NADH tới
O2 một lượng lớn năng lượng tự do được dùng để
tổng hợp ATP (Hình 16.8)

NADH
+ H+ + 1/2O2
NAD+ + H2O ∆
=
52,6 kcal.mol-1
Khi các electron di chuyển từ các
thế khử âm đến các thế khử dương năng lượng sẽ được giải
phóng; trái lại, khi các electron di chuyển từ các điện thế
dương hơn đến các điện thế âm hơn năng lượng sẽ cần để đẩy
các electron theo hướng ngược lại như diễn ra trong quang
hợp (Hình 16.8), ở đây quang năng được thu nhận và được dùng
để đẩy các electron từ nước tới chất mang electron
nicotinamide dinucleotide Phosphate (NADP+).
Như hình 16.1 đã chỉ dẫn các
sinh vật quang hợp thu nhận và sử dụng quang năng để vận
chuyển các electron từ nước (và các chất cho electron khác
như H2S) đến các chất nhận electron như NADP+
có các thế khử âm hơn. Sau đó các electron này có thể di
chuyển trở lại tới các chất nhận dương hơn và cung cấp năng
lượng để tạo thành ATP trong quang hợp. Các cơ thể quang tự
dưỡng sử dụng ATP và NADPH để tổng hợp các phân tử phức tạp
từ CO2. Các sinh vật hóa dị dưỡng cũng sử dụng
năng lượng giải phóng ra trong sự vận chuyển của các
electron nhờ sự oxy hoá các chất dinh dưỡng phức tạp trong
hô hấp để tạo thành NADH. Sau đó NADH chuyền các electron
cho O2 và năng lượng thoát ra trong sự vận chuyển
electron được giữ lại ở dạng ATP. Năng lượng từ ánh sáng mặt
trời được sử dụng bởi tất cả các sinh vật chính vì mối quan
hệ này giữa dòng electron và năng lượng.



Hình 16.8: Dòng năng luợng trong
trao đổi chất
Những ví dụ của
mối quan hệ giữa dòng electron và năng luợng trong trao đổi
chất. Oxy và NADP+
được dùng làm chất nhận electron lần lượt từ NADH và
nước. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)

Hình
16.9: Cấu trúc và chức năng của NAD+.
(a) Cấu trúc của NAD và NADP. NADP
khác với NAD ở chỗ có thêm 1 Phosphate trên một trong các
đường ribose; (b) NAD có thể nhận các electron và 1 hydro từ
cơ chất khử (SH2). Các electron và
hydro này được mang trên vòng nicotinamide. (Theo Prescott,
Harley và Klein, 2005)
Sự vận chuyển electron có ý nghĩa
quan trọng trong hô hấp hiếu khí, hô hấp kỵ khí, hoá dưỡng
vô cơ và quang hợp. Sự vận chuyển electron trong tế bào cần
sự tham gia của các chất mang như NAD+ và NADP+,
cả hai chất này đều có thể vận chuyển electron giữa các vị
trí khác nhau. Vòng nicotinamide của NAD+ và NADP+
(Hình 16.9) tiếp nhận hai electron này và một proton
từ một chất cho, còn proton thứ hai được tách ra.

Hình 16.10: Cấu trúc và chức năng
của FAD
Vitamin riboflavin bao gồm vòng isoalloxazine và đường
ribose gắn vào. FMN là riboflavin Phosphate. Phần của vòng
trực tiếp tham gia vào các phản ứng oxy hóa khử là phần có
màu. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)
Một số chất mang electron khác có vai trò trong
trao đổi chất của vi sinh vật cũng được nêu trong bảng 16.1;
các chất này mang electron theo các cách khác nhau.
Flavin-adenine dinucleotide (NAD) và flavin-mononucleotide
(FMN) mang 2 electron và 2 proton trên hệ thống vòng phức
tạp (Hình 16.10).
Các protein chứa FAD và FMN thường được gọi là
flavoprotein. Coenzyme Q (CoQ) hoặc Ubiquinone là một quinon
vận chuyển các electron và các H+ trong nhiều
chuỗi vận chuyển electron hô hấp (Hình 16.11).
Các cytochrome và một số chất mang
khác sử dụng các nguyên tử sắt để vận chuyển electron qua
các phản ứng oxy hoá - khử thuận nghịch:

Fe3+
(sắt ferric)
Fe2+ (sắt ferrous)
Trong cytochrome các nguyên tử sắt
này là một phần của nhóm hem (Hình 16.12) hoặc của
các vòng sắt - porphyrin tương tự khác.

Hình 16.11. Cấu trúc và chức năng
của Coenzyme Q hoặc Ubiquinone
Chiều dài của chuỗi bên thay đổi tùy theo cơ thể với n
= 6 đến n = 10. (Theo Prescott và cs, 2005)
Các chuỗi vận chuyển electron hô
hấp thường chứa cytochrome bao gồm một protein và một vòng
sắt - porphyrin. Một số protein mang electron chứa sắt thiếu
nhóm hem và được gọi là các protein sắt không - hem.
Ferredoxin (Fd) là một protein sắt không-hem hoạt động trong
việc vận chuyển electron quang hợp và một số quá trình vận
chuyển electron khác. Mặc dù nguyên tử sắt ở chúng không gắn
với nhóm hem nhưng chúng vẫn thực hiện được các phản ứng oxy
hoá. Cần chú ý rằng trong số các phân tử tham gia vào chuỗi
vận chuyển electron nói trên, ở mỗi thời điểm, một số mang
hai electron (như NAD, FAD và CoQ), số khác (như các
cytochrome và các protein sắt không-hem) chỉ mang một
electron. Sự khác nhau trong số lượng electron được vận
chuyển có ý nghĩa rất quan trọng trong hoạt động của các
chuỗi vận chuyển electron.

Hình 16.12: Cấu trúc của Hem
Hem bao gồm 1 vòng porphyrin gắn với 1
nguyên tử sắt. Đây là thành phần không-protein của nhiều
Cytochrome . Nguyên tử sắt luân phiên tiếp nhận và giải
phóng 1 electron. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)
16.2. ENZYME
Như đã nói ở trên một phản ứng
thoát nhiệt là một phản ứng có ∆Go’
âm và hằng số cân bằng lớn hơn 1 và có thể diễn ra triệt để
nghĩa là về phía bên phải của phương trình. Tuy nhiên, người
ta thường có thể hỗn hợp các chất phản ứng của một phản ứng
thoát nhiệt mà không thấy kết quả rõ ràng mặc dù các sản
phẩm có thể được tạo thành. Chính enzyme đóng vai trò trong
các phản ứng này.
16.2.1. Cấu trúc và phân loại các
enzyme
Enzyme là các chất xúc tác có bản
chất protein, có tính đặc hiệu cao đối với phản ứng xúc tác
và với các phân tử chịu xúc tác. Chất xúc tác là một chất
làm tăng tốc độ của một phản ứng hoá học mà bản thân không
bị thay đổi. Do đó enzyme thúc đẩy các phản ứng của tế bào.
Các phân tử phản ứng được gọi là cơ chất và các chất tạo
thành được gọi là sản phẩm. Nhiều enzyme là các protein
thuần khiết, nhưng cũng không ít enzyme gồm hai thành phần:
thành phần protein (gọi là apoenzyme) và phần không -
protein (gọi là cofactor); cả hai cần cho hoạt tính xúc tác
và enzyme gồm cả hai thành phần trên được gọi là holoenzyme.
Cofactor được gọi là nhóm thêm (prosthetic group) nếu gắn
chặt vào apoenzyme. Nhưng thường thì cofactor gắn lỏng lẻo
với apoenzyme, thậm chí có thể phân li khỏi protein enzyme
sau khi các sản phẩm đã được tạo thành và mang một trong các
sản phẩm này đến một enzyme khác. Cofactor gắn lỏng lẻo nói
trên được gọi là coenzyme. Chẳng hạn, NAD+ là một
coenzyme mang các electron bên trong tế bào. Nhiều vitamin
mà con người cần đóng vai trò là các coenzyme hoặc là tiền
chất (precursor) của các coenzyme. Niacin
được lắp vào NAD+ và riboflavin được lắp vào FAD.
Các ion kim loại cũng có thể liên kết với các apoenzyme và
tác dụng như các cofactor.
Mặc dù tế bào chứa một số lượng lớn
và rất đa dạng các enzyme nhưng chúng có thể được xếp vào
một trong 6 nhóm (Bảng 16.2). Tên của các enzyme thường được
đặt theo tên cơ chất mà chúng tác dụng lên và loại phản ứng
được xúc tác. Ví dụ, Lactate dehydrogenase (LDH) loại bỏ
hydrogen khỏi Lactate:
Lactate + NAD+
Pyruvate + NADH + H+
Lactate dehydrogenase cũng có thể
được đặt tên đầy đủ và chi tiết hơn là L-Lactate: NAD
oxydoreductase. Tên này mô tả các cơ chất và loại phản ứng
chính xác hơn.
Bảng 16.2. Phân loại enzyme
(Theo Prescott, Harley và Klein,
2005)
Loại
enzyme |
Phản ứng
do enzyme xúc tác |
Ví dụ phản ứng |
Oxydoreductase |
Các phản ứng oxy hóa khử |
Lactate
dehydrogenase:
Pyruvate + NADH + H
Lactate + NAD+ |
Transferase |
Các phản ứng chuyển nhóm giữa
các phân tử |
Aspartate
Carbamoyltransferase:
Aspartate
+ CarbamoylPhosphate

Carbamoylaspartate + Phosphate |
Hydrolase |
Thủy phân các phân tử.
|
Glucose-6-Phosphatease:
Glucose-6-Phosphate + H2O
Glucose + Pi |
Lyase |
Loại bỏ các nhóm để tạo thành
các nối đôi hoặc bổ sung các nhóm vào nối đôi. |
Fumarate hydratase:
L-malate
Fumarate + H2O |
Isomerase |
Các phản ứng xúc tác đồng phân
hóa. |
Alanine racemase:
 L-alanine
D-alanine |
Ligase |
Nối 2 phân tử nhờ năng luợng
của ATP (hay của các nucleoside triphosphate khác) |
Glutamine
synthetase:
Glutamate + NH3 +
ATP Glutamine
+ ATP + Pi |
16.2.2. Cơ chế của các phản ứng enzyme
Cần nhớ rằng các enzyme tăng cường
tốc độ phản ứng nhưng không làm thay đổi hằng số cân bằng.
Nếu một phản ứng là thu nhiệt enzyme sẽ không chuyển dịch
cân bằng và nhiều sản phẩm hơn sẽ được tạo thành. Các enzyme
chỉ nâng cao tốc độ mà ở đó phản ứng diễn ra theo hướng cân
bằng cuối cùng.
Để hiểu được enzyme xúc tác các
phản ứng như thế nào ta hãy xem xét diễn biến của một phản
ứng hoá học thải nhiệt bình thường sau đây:
A + B
C + D
Khi các phân tử A và B tiếp cận
nhau để phản ứng chúng sẽ tạo thành một phức hợp ở trạng
thái quá độ chi cả cơ chất và sản phẩm (Hình 16.13)

Hình 16.13: Coenzyme như các chất mang
Chức năng của 1 coenzyme trong
vai trò mang các chất đi khắp tế bào. Coenzyme C cùng với
enzyme E1 tham gia ch uyển hóa A
thành sản phẩm B. Trong quá trình phản ứng coenzyme C nhận X
từ cơ chất A và có thể chuyển X sang cơ chất P trong phản
ứng 2. Kết quả là coenzyme lại trở về dạng ban đẩu để sẵn
sàng tiếp nhận 1X khác. Coenzyme không chỉ tham gia vào 2
phản ứng mà còn vận chuyển X đi khắp tế bào. (Theo Prescott,
Harley và Klein, 2005)
Năng lượng hoạt hoá là cần nhằm
mang các phân tử phản ứng tiếp xúc với nhau theo một cách
chính xác để đạt được trạng thái quá độ (hay chuyển tiếp).
Phức hợp ở trạng thái quá độ có thể phân ly để tạo thành các
sản phẩm C và D. Sự khác nhau trong mức độ năng lượng tự do
giữa các chất phản ứng và các sản phẩm là ∆Go’.
Vì vậy, trong ví dụ nêu trên cân bằng sẽ nằm về phía các sản
phẩm vì ∆Go’ là âm (nghĩa là các
sản phẩm ở mức năng lượng thấp hơn cơ chất). Trong hình
16.13 rõ ràng A và B không thể
chuyển hoá thành C và D nếu chúng không
được cung cấp một lượng năng lượng tương đương với năng
lượng hoạt hoá. Enzyme thúc đẩy các phản ứng bằng cách hạ
thấp năng lượng hoạt hoá. Do đó nhiều phân tử cơ chất hơn sẽ
có năng lượng đầy đủ để tiếp cận nhau và tạo thành sản phẩm.
Mặc dù hằng số cân bằng (hoặc ∆Go’)
không thay đổi nhưng cân bằng sẽ đạt được nhanh hơn khi có
mặt enzyme do năng lượng hoạt hoá giảm.

Hình 16.14: Enzyme hạ
thấp năng luợng hoạt hóa
Trong tiến trình của 1
phản ứng hóa học nêu trên A và B được chuyển thành C và D.
Phức hợp chuyển tiếp được biểu thị bởi AB*
và năng luợng hoạt hóa cần để đạt được trạng thái này bởi Ea.
Đường đỏ biểu thị tiến trình của phản ứng trong sự có mặt
của 1 enzyme. Cần chú ý, năng luợng hoạt hóa trong phản ứng
có enzyme xúc tác thấp hơn rất nhiều. (Theo Prescott,
Harley và Klein, 2005)
Sở dĩ enzyme có khả năng hạ thấp
năng lượng hoạt hoá của các phản ứng vì chúng mang các cơ
chất lại gần nhau tại một điểm đặc biệt gọi là vị trí hoạt
động hoặc vị trí xúc tác để tạo thành phức hợp enzyme - cơ
chất (Hình 16.15 và 16.16). Sự tương tác giữa cơ chất và
enzyme có thể diễn ra theo hai con đường:
- Enzyme có hình dạng cố định, khớp với hình dạng của cơ
chất giúp cho cơ chất liên kết chính xác và thuận lợi cho
phản ứng diễn ra.
- Enzyme thay đổi hình dạng khi gắn với cơ chất tạo điều
kiện cho vị trí xúc tác bao quanh và khớp chính xác với cơ
chất.
Cơ chế diễn ra theo con đường thứ
nhất được gọi là mô hình “ổ khoá và chìa khoá” (lock - and -
key model). Theo con đường thứ hai cơ chế được gọi là mô
hình “khớp cảm ứng” (induced fit). Mô hình này được ứng dụng
cho hexokinase và nhiều enzyme khác (Hình 16.16).

Hình 16.15. Chức năng của enzyme.
Sự tạo thành phức hợp enzyme-cơ chất và chuyển hóa phức hợp
thành 1 sản phẩm. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)
Việc tạo thành phức hợp enzyme - cơ
chất có thể hạ thấp năng lượng hoạt hoá theo một số cách.
Chẳng hạn, bằng cách mang các cơ chất lại gần nhau tại vị
trí xúc tác, trên thực tế, enzyme đã làm tăng nồng độ của
chúng và thúc đẩy phản ứng. Tuy nhiên, một enzyme không chỉ
đơn giản làm đậm đặc nồng độ các cơ chất của chúng mà còn
liên kết các cơ chất sao cho các cơ chất này hướng chính xác
với nhau để tạo thành phức hợp ở trạng thái quá độ. Một sự
định hướng như vậy sẽ hạ thấp lượng năng lượng mà các cơ
chất cần để đạt được trạng thái quá độ. Các hoạt tính này và
các hoạt tính khác của vị trí xúc tác đã tăng cường phản ứng
hàng trăm nghìn lần bất kể vi sinh vật sinh trưởng giữa 200C
và khoảng 1130C. Những nhiệt độ này không đủ cao
để giúp cho hầu hết các phản ứng hữu cơ trong sự vắng mặt
của enzyme, hơn nữa các tế bào không thể sống sót ở những
nhiệt độ cao dùng bởi một nhà hoá học hữu cơ trong các quá
trình tổng hợp hữu cơ thường ngày. Enzyme giúp cho sự sống
tồn tại bằng cách thúc đẩy các phản ứng đặc biệt ở nhiệt độ
thấp.

Hình 16.16. Một ví dụ về sự tạo
thành phức hợp enzyme-cơ chất
a) Mô hình đầy đủ của hexokinase nấm
men và cơ chất Glucose (màu tía). Vị trí hoạt động trong khe
tạo thành bởi thùy nhỏ của enzyme (màu lục) và thùy lớn (màu
xám). (b) Khi Glucose liên kết để tạo thành phức hợp
enzyme-cơ chất hexokinase thay đổi hình dạng và bao quanh cỏ
chất. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)
16.2.3. Tác động của môi trường lên
hoạt tính enzyme
Hoạt tính enzyme thay đổi rõ rệt
với sự thay đổi của các yếu tố môi trường mà một trong các
yếu tố quan trọng nhất là nồng độ cơ chất. Như ta đã biết,
nồng độ các cơ chất bên trong tế bào thường thấp. Ở nồng độ
cơ chất rất thấp enzyme chậm tạo thành sản phẩm do ít khi
được tiếp xúc với phân tử cơ chất. Nếu có mặt nhiều phân tử
cơ chất hơn enzyme sẽ liên kết cơ chất thường xuyên hơn và
tốc độ phản ứng (thường được thể hiện như tốc độ tạo thành
sản phẩm) cũng lớn hơn ở nồng độ cơ chất thấp hơn. Do đó tốc
độ của một phản ứng do enzyme xúc tác tăng lên theo nồng độ
cơ chất (Hình 16.17).
Tuy nhiên nếu tiếp tục tăng nồng độ
cơ chất thì tốc độ phản ứng cũng không tăng nữa vì các phân
tử enzyme đã bão hoà cơ chất và đang chuyển hoá cơ chất
thành sản phẩm với tốc độ cực đại (Vmax).
Đường cong của nồng độ cơ chất bây giờ sẽ là đường hyperbole
(Hình 16.17). Để biết được nồng độ cơ chất mà một enzyme cần
để hoạt động thích hợp người ta thường dùng hằng số
Michaelis (Km). Đây là nồng độ cơ chất enzyme cần để
thực hiện được một nửa tốc độ cực đại và được dùng như một
đại lượng đo ái lực thực sự của một enzyme đối với cơ chất.
Giá trị Km càng thấp có ý nghĩa là nồng độ cơ chất mà
enzyme xúc tác phản ứng cũng càng thấp.Hoạt tính enzyme cũng
thay đổi theo sự thay đổi của pH và nhiệt độ (hình 16.18).

Hình 16.17. Động học
Michaelis-Menten
Velocity= tốc độ,
Substrate concentration: nồng độ cơ chất
Sự phụ thuộc của hoạt tính enzyme vào
nồng độ cơ chất. Đường cong cơ chất ở đây khớp với phương
trình Michaelis-Menten cho trong hình; phương trình này liên
kết tốc độ phản ứng (v) với nồng độ cơ chất (S) khi sử dụng
tốc độ cực đại và hằng số Michaelis (Km). Km = nồng độ cơ
chất enzyme cần để hoạt động ở nửa tốc độ cực đại. Vmax =
tốc độ tạo thành sản phẩm khi enzyme được bão hòa cơ chất và
hoạt động nhanh tối đa. (Theo Prescott, Harley và Klein,
2005)
Mỗi enzyme hoạt động mạnh nhất ở
một pH thích hợp nhất. Khi pH chệch xa khỏi giá trị tối
thích hoạt tính của enzyme sẽ giảm đi và enzyme có thể bị hư
hại. Với nhiệt độ enzyme cũng có giá trị tối thích cho hoạt
tính cực đại. Nếu nhiệt độ tăng quá cao so với giá trị tối
thích cấu trúc của enzyme sẽ bị huỷ hoại và enzyme mất hoạt
tính. Hiện tượng biến tính (denaturation) này của enzyme có
thể là hậu quả của các giá trị quá độ (tột cùng) của pH và
nhiệt độ hoặc các yếu tố khác. Các giá trị tối thích của pH
và nhiệt độ của các enzyme vi sinh vật thường phản ánh pH và
nhiệt độ nơi sống của chúng. Do đó, ta dễ hiểu, các vi khuẩn
sinh trưởng tốt nhất ở nhiệt độ cao thường có các enzyme với
nhiệt độ tối thích cao và độ bền nhiệt độ lớn.




Hình
16.18: pH, nhiệt độ và hoạt tính enzyme
Sự thay đổi hoạt tính enzyme cùng với
những thay đổi trong pH và nhiệt độ. Phạm vi pH và nhiệt độ
ở đây chỉ là tượng trưng. Các enzyme khác nhau về vị trí của
điểm tối thích và hình dạng của các đường cong pH và nhiệt
độ. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)
16.2.4. Sự kìm hãm enzyme
Nhiều hoá chất là độc đối vi sinh
vật và những chất độc mạnh nhất chính là những chất kìm hãm
enzyme. Một chất kìm hãm cạnh tranh trực tiếp cạnh tranh với
cơ chất ở vị trí xúc tác của một enzyme và ngăn cản enzyme
tạo thành sản phẩm. Chẳng hạn, succinate dehydrogenase là
enzyme xúc tác sự oxy hoá succinate thành fumarate trong chu
trình Krebs. Acid malonic có cấu trúc tương tự succinate do
đó là chất kìm hãm cạnh tranh của enzyme nói trên. Sau khi
liên kết vào enzyme malonat không bị oxy hoá và việc tạo
thành fumarate không diễn ra. Các chất kìm hãm cạnh tranh
thường chi với các cơ chất bình thường nhưng không thể bị
chuyển hoá thành các sản phẩm.

Hình 16.19: Kìm hãm cạnh tranh
của succinate-dehydrogenase
Acid malonic có cấu trúc tương
tự acid succinic do đó là chất kìm hãm cạnh tranh của enzyme
nói trên. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)
Các chất kìm hãm cạnh tranh được sử
dụng để điều trị nhiều bệnh do vi sinh vật. Chẳng hạn các
thuốc sulfa như sulfanilamit chi với p-aminobenzoat
là một phân tử dùng trong việc tạo thành coenzyme acid
folic. Các thuốc cạnh tranh với p-aminobenzoat đối
với vị trí xúc tác của một enzyme tham gia tổng hợp acid
folic do đó ngăn cản sự tạo thành acid folic và kìm hãm sinh
trưởng của vi khuẩn. Cơ thể người không chịu tác dụng của
thuốc do không có khả năng tổng hợp acid folic và phải thu
nhận acid này từ thức ăn.
16.3. TÍNH CHẤT
VÀ Ý NGHĨA CỦA VIỆC ĐIỀU CHỈNH TRAO ĐỔI CHẤT
Bộ máy điều chỉnh có vai trò cực kỳ
phức tạp và khó khăn. Các con đường cần phải điều chỉnh và
phối hợp có hiệu quả sao cho tất cả các thành phần của tế
bào đều có mặt với số lượng thích hợp, chính xác. Hơn nữa tế
bào vi sinh vật phải có khả năng đáp ứng rất kịp thời với
những thay đổi của môi trường bằng cách sử dụng các chất
dinh dưỡng hiện có và bằng cách bật mở các con đường dị hoá
mới khi có mặt các chất dinh dưỡng khác. Vì tất cả các thành
phần hoá học của một tế bào thường không tồn tại trong môi
trường, do đó vi sinh vật cũng phải tổng hợp chúng và phải
thay đổi hoạt tính sinh tổng hợp đáp ứng với những thay đổi
trong việc sử dụng chất dinh dưỡng. Thành phần hoá học của
môi trường bao quanh tế bào thường xuyên thay đổi, do đó các
quá trình điều chỉnh này cũng phải năng động và phải liên
tục đáp ứng với các điều kiện thay đổi.
Việc điều chỉnh là cần thiết cho tế
bào vi sinh vật duy trì được năng lượng, vật chất và cân
bằng trao đổi chất. Nếu một nguồn năng lượng đặc biệt không
có mặt, các enzyme cần cho việc sử dụng nguồn năng lượng này
là không cần thiết và việc tổng hợp chúng tiếp tục sẽ là một
sự tiêu phí C, N và năng lượng. Cũng tương tự như vậy, sẽ là
rất vô ích đối với vi sinh vật nếu chúng tổng hợp các enzyme
cần cho việc tạo thành một sản phẩm cuối cùng nào đó khi sản
phẩm này đã có mặt với số lượng đầy đủ. Như vậy, cả dị hoá
và đồng hoá đều được điều chỉnh theo cách sao cho hiệu quả
của hoạt động đạt được tối đa.
Có thể thấy rõ xu hướng duy trì cân
bằng và bảo tồn năng lượng của vật chất trong sự đáp ứng
điều chỉnh ở vi khuẩn E. coli... Khi sinh trưởng
trong một môi trường rất đơn giản chỉ chứa glucose là nguồn
C và nguồn năng lượng vi khuẩn sẽ tổng hợp các thành phần mà
tế bào cần với số lượng cân bằng (chẳng hạn acid amin
tryptophan). Việc bổ sung một sản phẩm sinh tổng hợp cuối
cùng vào môi trường sẽ dẫn đến kìm hãm ngay lập tức con
đường tổng hợp sản phẩm cuối cùng nói trên. Việc tổng hợp
các enzyme của con đường cũng sẽ bị ngừng hoặc chậm lại. Nếu
chuyển E. coli sang môi trường chỉ chứa lactose, vi
khuẩn sẽ tổng hợp các enzyme cần cho sự chuyển hoá đường
này. Trái lại, khi sinh trưởng trong môi trường chứa cả
glucose và lactose E. coli sẽ sử dụng glucose đầu
tiên vì đây là loại đường đơn giúp cho sinh trưởng của vi
khuẩn diễn ra nhanh nhất chỉ sau khi glucose đã cạn kiệt,
lactose mới được sử dụng.
Dòng carbon chuyển hoá qua con
đường có thể được điều chỉnh theo ba cách chủ yếu:
- Tập trung các chất trao đổi và các enzyme trong những
phần khác nhau của tế bào, từ đó ảnh hưởng đến hoạt tính
của con đường,
- Các enzyme quan trọng thường được kích thích hoặc bị
kìm hãm trực tiếp nhằm thay đổi nhanh hoạt tính của con
đường,
- Số lượng các phân tử enzyme cũng có thể được điều hoà.
Các phân tử chất xúc tác có mặt càng nhiều thì hoạt tính
của con đường càng lớn. Ở vi khuẩn, việc điều chỉnh thường
chịu tác dụng ở mức độ phiên âm. Việc điều hoà tổng hợp
mRNA chậm hơn việc điều chỉnh trực tiếp hoạt tính enzyme
nhưng tiết kiệm được nhiều năng lượng và nguyên liệu vì
các enzyme không được tổng hợp khi không cần thiết.
Hai cơ chế 1 và 2 sẽ được trình bày ở đây, đó là:
khu trú trao đổi chất và điều hoà hoạt tính enzyme.
16.4. KHU TRÚ
TRAO ĐỔI CHẤT (Metabolic Channeling)
Một trong các cơ chế khu trú trao
đổi chất phổ biến nhất là sự chia khoang (compartmentation)
nghĩa là sự phân bố biệt hoá các enzyme và các chất trao đổi
trong các cấu trúc tế bào tách biệt hoặc các bào quan có
màng bao bọc. Chẳng hạn, sự oxy hoá acid béo gặp bên trong
ti thể nhưng tổng hợp acid béo lại diễn ra trong tế bào
chất. Chu chất ở vi khuẩn cũng có thể được xem là một ví dụ
của sự chia khoang. Sự chia khoang tạo điều kiện cho việc
hoạt động và điều chỉnh đồng thời nhưng tách biệt của các
con đường có thể được phối hợp nhờ sự điều chỉnh việc vận
chuyển các chất trao đổi và các coenzyme giữa các khoang của
tế bào. Giả dụ, có hai con đường tồn tại trong các khoang tế
bào khác nhau nhưng đều cần NAD+ cho hoạt động.
Sự phân bố NAD+ giữa hai khoang sẽ quyết định
hoạt tính tương đối của các con đường cạnh tranh này và con
đường nào chiếm dư thừa NAD+ sẽ có lợi thế hơn.
Sự chia khoang cũng gặp bên trong
các khoang như nền tế bào chất. Nền (matrix) là vật thể đông
đặc, có cấu trúc gồm nhiều khoang nhỏ. Ở sinh vật nhân thật
nền cũng được chia nhỏ bởi lưới nội chất (endoplasmic
reticulum) và bộ khung tế bào (cytoskeleton). Trong một môi
trường như vậy các chất trao đổi và các coenzyme không
khuếch tán nhanh và các gradien chất trao đổi sẽ được thiết
lập gần các enzyme hoặc các hệ thống enzyme cục bộ. Điều này
diễn ra vì các enzyme ở một vị trí đặc biệt chuyển hoá các
chất thành sản phẩm dẫn đến giảm nồng độ của một hoặc nhiều
chất trao đổi này và tăng nồng độ của một hoặc nhiều chất
trao đổi khác. Chẳng hạn, nồng độ sản phẩm sẽ cao ở gần
enzyme và thấp dần theo khoảng cách tăng lên tính từ enzyme.
Sự khu trú có thể tạo ra những thay
đổi rõ rệt trong nồng độ chất trao đổi và vì vậy ảnh hưởng
trực tiếp đến hoạt tính enzyme. Nồng độ cơ chất, nói chung,
thường ở vào khoảng 10-3 - 10-6M/l,
thậm chí thấp hơn, nghĩa là có thể ở trong cùng phạm vi như
nồng độ enzyme và bằng hoặc nhỏ hơn hằng số Michaelis (Km)
của nhiều enzyme. Dưới các điều kiện như vậy nồng độ cơ chất
của một enzyme có thể điều hoà hoạt tính của chất xúc tác vì
nồng độ cơ chất là ở trong phần tăng lên của đường cong
hyperbole của sự bão hoà cơ chất (Hình 16.20).

Hình 16.20: Điều hòa hoạt tính
enzyme bởi nồng độ cơ chất
Trong hình là đường cong bão hòa
enzyme-cơ chất với hằng số Michaelis (Km) và tốc độ tương
đương với ½ tốc độ cực đại (Vmax).
Tốc độ ban đầu của phản ứng (v) được dựng đồ thị đối với
nồng độ cơ chất. Tốc độ cực đại là tốc độ lớn nhất đạt được
với một số lượng enzyme cố định dưới những điều kiện xác
định. Khi nồng độ cơ chất bằng hoặc nhỏ hơn Km hoạt tính
enzyme sẽ thay đổi hầu như tuyến tính với nồng độ cơ chất.
Giả dụ, nồng độ cơ chất tăng từ mức độ A tới mức độ B. Vì
những nồng độ này đều ở trong phạm vi của Km nên hoạt tính
enzyme tăng lên rõ rệt. Sự giảm nồng độ từ B đến A sẽ hạ
thấp tốc độ tạo thành sản phẩm. (Theo Prescott, Harley và
Klein, 2005)
Khi nồng độ cơ chất tăng, cơ chất
sẽ được chuyển thành sản phẩm nhanh hơn; nồng độ cơ chất
giảm đương nhiên dẫn đến hoạt tính enzyme thấp hơn. Nếu 2
enzyme ở hai con đường khác nhau cùng sử dụng một chất trao
đổi chúng có thể trực tiếp cạnh tranh chất này, con đường
thắng trong cuộc cạnh tranh này, nghĩa là con đường với
enzyme có giá trị Km thấp nhất đối với chất trao đổi,
sẽ hoạt động gần như hoàn toàn thống trị. Do đó sự khu trú
bên trong một khoang tế bào có thể điều chỉnh và phối hợp
trao đổi chất thông qua những biến đổi trong nồng độ chất
trao đổi và nồng độ coenzyme.
16.5. ĐIỀU HÒA
HOẠT TÍNH ENZYME
Hoạt động của nhiều con đường trao
đổi chất có thể được điều hoà nhờ việc điều chỉnh hoạt tính
của các enzyme điều chỉnh. Mục này mô tả các enzyme nói trên
và đề cập vai trò của chúng trong việc điều chỉnh hoạt tính
của con đường.
16.5.1. Điều chỉnh dị lập thể
Các enzyme điều chỉnh thường là các
enzyme dị lập thể (allosteric enzymes). Hoạt tính của một
enzyme dị lập thể bị thay đổi bởi một phân tử nhỏ gọi là
effector (effector, chất tác động) hoặc modulator
(modulator, chất điều biến). Effector liên kết thuận nghịch
nhờ lực không - cộng hoá trị vào một vị trí điều chỉnh
(regulatory site) tách biệt khỏi vị trí xúc tác (catalytic
site) và gây ra sự thay đổi trong hình dạng hoặc hình thể
của enzyme (Hình 16.21). Hoạt tính của vị trí xúc tác
do đó bị thay đổi. Một effector dương làm tăng hoạt tính
enzyme, một effector âm, trái lại, làm giảm hoạt tính hoặc
kìm hãm enzyme. Những thay đổi như vậy trong hoạt tính
thường bắt nguồn từ những biến đổi trong ái lực biểu kiến
của enzyme đối với cơ chất, tuy nhiên những thay đổi trong
tốc độ cực đại cũng có thể diễn ra.

Hình 16.21: Điều chỉnh dị lập thể
Cấu trúc và chức năng của 1 enzyme dị
lập thể. Trong hình bên effector hoặc modulator (chất điều
biến) trước hết gắn vào 1 vị trí điều hòa tách biệt và làm
thay đổi hình thể enzyme dẫn đến sự thay đổi hình dạng của
vị trí hoạt động. Vị trí hoạt động giờ có thể liên kết cơ
chất hiệu quả hơn. Ở đây effector là dương tính vì nó kích
thích sự liên kết cơ chất và hoạt tính xúc tác. (Theo
Prescott, Harley và Klein, 2005)
Các enzyme điều chỉnh thường là các
enzyme dị lập thể (allosteric enzymes). Hoạt tính của một
enzyme dị lập thể bị thay đổi bởi một phân tử nhỏ gọi là
effector (effector, chất tác động) hoặc modulator
(modulator, chất điều biến). Effector liên kết thuận nghịch
nhờ lực không - cộng hoá trị vào một vị trí điều chỉnh
(regulatory site) tách biệt khỏi vị trí xúc tác (catalytic
site) và gây ra sự thay đổi trong hình dạng hoặc hình thể
của enzyme (Hình 16.21). Hoạt tính của vị trí xúc tác
do đó bị thay đổi. Một effector dương làm tăng hoạt tính
enzyme, một effector âm, trái lại, làm giảm hoạt tính hoặc
kìm hãm enzyme. Những thay đổi như vậy trong hoạt tính
thường bắt nguồn từ những biến đổi trong ái lực biểu kiến
của enzyme đối với cơ chất, tuy nhiên những thay đổi trong
tốc độ cực đại cũng có thể diễn ra.

Hình 16.22: Sự điều chỉnh ACTase
Phản ứng Aspartate-
carbamoyltransferase và vai trò của enzyme này
trong việc điều chỉnh sinh tổng hợp pyrimidine. Sản phẩm
cuối cùng CTP kìm hãm hoạt tính của ACTase (-) còn ATP lại
hoạt hóa enzyme (+). Cacbamoyl Phosphate synthetase cũng bị
kìm hãm bởi các sản phẩm cuối cùng của con đường như UMP.
(Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)
Các đặc tính động học của enzyme
không - điều chỉnh chứng minh rằng hằng số Michaelis (Km)
là nồng độ cơ chất cần cho một enzyme hoạt động ở tốc độ
bằng nửa tốc độ cực đại. Hằng số này chỉ ứng dụng cho các
đường cong bão hoà cơ chất hyperbole mà không cho các đường
cong xích-ma thường gặp với các enzyme dị lập thể (Hình
16.23). Nồng độ cơ chất cần cho một nửa tốc độ cực đại với
các enzyme dị lập thể có đường cong cơ chất xích-ma được gọi
là giá trị [S]0,5 hoặc K0,5.
Một trong các enzyme điều chỉnh dị
lập thể được nghiên cứu kỹ nhất đó là
Aspartate-carbamoyltransferase (ACTase) ở E. coli.
Enzyme xúc tác sự ngưng tụ của cacbamoylphosphate với
aspartate tạo thành cacbamoylaspartate (Hình 16.22).
ACTase xúc tác phản ứng quyết định
tốc độ của con đường sinh tổng hợp pyrimidine ở E. coli.
Đường cong cơ chất bão hoà là xích-ma khi nồng độ của một
trong hai cơ chất thay đổi (Hình 16.23)


Hình 16.23: Động học của
Aspartate carbamoyltransferase ở E. coli
CTP là 1 effector âm làm tăng giá trị
K0,5, còn ATP là 1 effector dương,
hạ thấp K0,5. Vmax
vẫn là hằng số. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)
Enzyme có trên một vị trí hoạt động
và sự liên kết của một phân tử cơ chất vào một vị trí hoạt
động sẽ kích thích sự liên kết của cơ chất vào các vị trí
khác. Hơn nữa, cytidine triphosphate (CTP), một sản phẩm
cuối cùng của sinh tổng hợp pyrimidine, kìm hãm enzyme, trái
lại ATP (purine) lại hoạt hoá enzyme. Cả hai effector thay
đổi giá trị K0,5 của enzyme nhưng
không thay đổi tốc độ cực đại của enzyme. GTP kìm hãm bằng
cách nâng cao K0,5 hoặc chuyển dịch
đường cong bão hoà cơ chất lên các giá trị cao hơn. Điều này
cho phép enzyme hoạt động chậm hơn ở một nồng độ cơ chất đặc
biệt khi CTP có mặt. ATP hoạt hoá bằng cách chuyển đường
cong tới các giá trị nồng độ cơ chất thấp hơn khiến cho
enzyme hoạt động cực đại qua một phạm vi nồng độ cơ chất
rộng lớn. Do đó, khi con đường hoạt động tới mức nồng độ CTP
tăng quá cao hoạt tính ACTase sẽ giảm và tốc độ tạo thành
sản phẩm cuối cùng bị chậm lại. Trái lại, khi nồng độ sản
phẩm cuối cùng ATP tăng lên so với CTP, ATP sẽ kích thích
tổng hợp CTP thông qua tác dụng lên ACTase.
Aspartate carbamoyltransferase ở
E. coli cung cấp một ví dụ rõ rệt về các vị trí điều
chỉnh và vị trí xúc tác riêng rẽ trong các enzyme dị lập
thể. Enzyme là một protein lớn gồm 2 dưới đơn vị xúc tác và
3 dưới đơn vị điều chỉnh (Hình 16.24a). Các dưới đơn vị xúc
tác chỉ chứa các vị trí xúc tác và không chịu ảnh hưởng bởi
CTP và ATP. Các dưới đơn vị điều chỉnh không xúc tác phản
ứng nhưng có các vị trí điều chỉnh liên kết CTP và ATP. Khi
liên kết vào enzyme hoàn toàn các effector này gây ra những
thay đổi về hình thể trong các dưới-đơn vị điều chỉnh, sau
đó trong các dưới đơn vị xúc tác và các vị trí xúc tác.
Enzyme có thể thay đổi thuận nghịch giữa một dạng T ít hoạt
động và một dạng R hoạt động hơn (Hình 16.24 b, c). Do đó vị
trí điều chỉnh ảnh hưởng đến vị trí xúc tác ở khoảng cách
khoảng 6,0 nm.



Hình 16.24: Cấu trúc và điều
chỉnh của Aspartate carbamoyltransferase ở E. coli. (Theo
Prescott, Harley và Klein, 2005)
16.5.2. Cải biến cộng hoá trị các
enzyme
Các enzyme cũng có thể được kích
thích hoặc bị kìm hãm thông qua sự cải biến cộng hoá trị
thuận nghịch. Thông thường điều này diễn ra do việc thêm và
loại bỏ một nhóm đặc biệt, nghĩa là một dạng của enzyme được
hoạt động hơn một dạng khác. Chẳng hạn, glycogen
phosphorylase của mốc bánh mì Neurospora crassa được
gọi là phosphorylase a khi ở dạng phosphoryl hoá và
phosphorylase b khi ở dạng bị loại bỏ Phosphate (Hình
16.25). Phosphorylase b là bất hoạt vì chất hoạt hoá AMP mà
nó cần thường không có mặt ở mức độ đủ cao. Dạng phosphoryl
hoá của phosphorylase a hoạt động ngay khi không có mặt AMP.
Glycogen phosphorylase được kích thích thông qua việc
phosphoryl hóa phosphorylase b thành phosphorylase a. Việc
gắn nhánh Phosphate làm thay đổi hình thể của enzyme chuyển
nó thành dạng hoạt động. Phản ứng phosphoryl hoá và loại bỏ
Phosphate được xúc tác bởi các enzyme riêng rẽ và các enzyme
này cũng được điều chỉnh.

Hình 16.25: Sự cải biến cộng hóa
trị thuận nghịch của glycogen phosphorylase. Phosphorylase a
là dạng hoạt động được tổng hợp bởi phosphoryl hóa và bị bất
hoạt khi Phosphate bị loại bỏ do thủy phân để tạo thành
phosphorylase b bất hoạt. (Theo Prescott, Harley và Klein,
2005)
Các enzyme cũng có thể được điều
chỉnh nhờ liên kết với các nhóm khác Phosphate. Một trong
các enzyme được nghiên cứu chi tiết nhất đó là Glutamine
synthetase ở E. coli. Đây là một enzyme lớn, phức tạp
tồn tại ở hai dạng. Khi một nhánh acid adenylic liên kết với
một trong 12 dưới-đơn vị của enzyme tạo thành một enzyme
adenyl hoá, glutamine synthetase hoạt động yếu. Việc loại bỏ
các nhóm AMP tạo ra glutamine synthetase đã mất adenyl hoạt
động hơn và glutamine được tổng hợp. Hệ thống glutamine
synthetase khác hệ thống phosphorylase ở hai điểm: 1) AMP
được dùng như tác nhân cải biến; 2) Dạng cải biến của
Glutamine synthetase kém hoạt động. Glutamine synthetase
cũng được điều chỉnh dị lập thể.
Việc sử dụng cải biến cộng hoá trị
để điều chỉnh hoạt tính enzyme có một số ưu điểm. Các enzyme
có thể chuyển hoá qua lại thường cũng là các enzyme dị lập
thể. Vì mỗi dạng có thể đáp ứng khác nhau với các effector
dị lập thể nên các hệ thống enzyme cải biến cộng hoá trị có
khả năng đáp ứng với nhiều chất kích thích hơn trong các con
đường thay đổi và phức tạp. Cũng có thể được điều chỉnh là
các enzyme xúc tác những cải biến cộng hoá trị, bổ sung vào
hệ thống một mức độ điều chỉnh thứ hai.
16.5.3. Kìm hãm phản hồi hoặc kìm hãm
bởi sản phẩm cuối cùng (Feedback inhibition)
Như đã nói ở phần trên, tốc độ của
nhiều con đường trao đổi chất được điều chỉnh thông qua sự
điều khiển hoạt tính của các enzyme điều chỉnh. Mỗi con
đường có ít nhất một enzyme dẫn-tốc độ (pacemaker) xúc tác
phản ứng chậm nhất hoặc hạn chế tốc độ trong con đường. Vì
các phản ứng khác diễn ra nhanh hơn phản ứng dẫn-tốc độ do
đó những thay đổi trong hoạt tính của enzyme này trực tiếp
ảnh hưởng đến tốc độ của con đường. Thông thường, bước thứ
nhất trong một con đường là một phản ứng dẫn tốc độ xúc tác
bởi một enzyme điều chỉnh. Sản phẩm cuối cùng của con đường
thường kìm hãm enzyme điều chỉnh này. Quá trình nói trên
được gọi là sự kìm hãm bởi sản phẩm cuối cùng. Kiểu kìm hãm
này bảo đảm cho sự tạo thành cân bằng của sản phẩm cuối cùng
của một con đường. Nếu tích luỹ với nồng độ quá cao sản phẩm
cuối cùng sẽ kìm hãm enzyme điều chỉnh và làm giảm tốc độ
tổng hợp của chính sản phẩm này. Khi nồng độ của sản phẩm
cuối cùng giảm, hoạt tính của con đường lại tăng và nhiều
sản phẩm hơn được tạo thành. Sự kìm hãm bởi sản phẩm cuối
cùng, nhờ vậy, đã tự động phối hợp việc cung cấp theo nhu
cầu của sản phẩm này. Aspartate carbamoyltransferase là một
ví dụ điển hình của sự kìm hãm bởi sản phẩm một con đường
sinh tổng hợp thường phân nhánh tạo thành trên một sản phẩm
cuối cùng. Trong tình hình như vậy việc tổng hợp các sản
phẩm cuối cùng của con đường phải được phối hợp một cách
chính xác. Không thể để một sản phẩm cuối cùng này có mặt dư
thừa trong khi một sản phẩm cuối cùng khác lại thiếu. Sự
phân nhánh các con đường sinh tổng hợp thường tạo nên sự cân
bằng giữa các sản phẩm cuối cùng qua việc sử dụng các enzyme
điều chỉnh ở các điểm phân nhánh (Hình 16.26).
Khi có mặt ở nồng độ dư thừa một
sản phẩm cuối cùng thường kìm hãm enzyme ở điểm phân nhánh
trên chuỗi dẫn đến tạo thành sản phẩm này, nhờ vậy mà điều
chỉnh việc tổng hợp của chính sản phẩm đó nhưng không ảnh
hưởng đến tổng hợp các sản phẩm khác. Hình 16.26 cũng
cho thấy cả 2 sản phẩm cũng kìm hãm enzyme mở đầu trong con
đường. Sự dư thừa của một sản phẩm làm chậm dòng C đi vào cả
con đường trong khi kìm hãm enzyme thích hợp ở điểm phân
nhánh. Vì sự phân nhánh không hoạt động cần ít C do đó sự
kìm hãm bởi sản phẩm cuối cùng của enzyme dẫn tốc độ ban đầu
giúp cho sự điều hoà giữa cung và cầu ở các con đường phân
nhánh. Việc điều chỉnh ở các con đường phân nhánh nhiều
thường được thực hiện phức tạp hơn do sự có mặt của các
izoenzyme tức là những enzyme khác nhau nhưng xúc tác cùng
một phản ứng. Bước đầu dẫn tốc độ ban đầu có thể do một số
izoenzyme xúc tác, mỗi izoenzyme chịu sự điều hoà riêng rẽ
và độc lập. Trong tình hình như vậy, sự dư thừa của một sản
phẩm cuối cùng sẽ làm giảm hoạt tính của con đường nhưng
không hoàn toàn kìm hãm chức năng của con đường vì một số
izoenzyme vẫn còn hoạt động.

Hình 16.26: Kìm hãm phản hồi
Trên hình là sự kìm hãm phản hồi trong
1 con đường phân nhánh với 2 sản phẩm cuối cùng. Các enzyme
ở điểm phân nhánh xúc tác sự chuyển hóa chất trung gian E
thành F và G được điều chỉnh bởi kìm hãm phản hồi. Các sản
phẩm P và Q cũng kìm hãm phản ứng mở đầu trong con đường.
Tín hiệu ① chỉ ra rằng P hoặc Q kìm hãm enzyme xúc tác bước
tiếp theo tín hiệu. (Theo Prescott, Harley và Klein, 2005)